מה צריך לדעת
- קובץ FNA הוא קובץ DNA ורצף חלבון בפורמט FASTA.
- פתח אחד עם Geneious.
- המר ל-FASTA ולפורמטים דומים עם אותה תוכנית.
מאמר זה מסביר מהו קובץ FNA, כיצד לפתוח אותו וכיצד לשמור אותו בפורמט אחר כמו FASTA, GB, VCF, תמונות וכו'.
מהו קובץ FNA?
קובץ עם סיומת הקובץ FNA הוא קובץ DNA ורצף חלבון בפורמט FASTA המאחסן מידע DNA שניתן להשתמש בו על ידי תוכנת ביולוגיה מולקולרית.
FNA, ספציפית, עשויים לשמש כדי להחזיק רק מידע על חומצות גרעין בעוד שפורמטים אחרים של FASTA מכילים מידע אחר הקשור ל-DNA, כגון אלה עם ה-FASTA, FAS, FA, FFN, FAA, FRN, MPFA, SEQ סיומות קובץ, NET או AA.
תבניות ה-FASTA מבוססות הטקסט הללו נוצרו במקור מתוך חבילת תוכנה בעלת אותו שם, אך משמשות כעת כסטנדרט ביישומי יישור רצפי DNA וחלבונים.
FNA מתייחס גם לכמה מונחים טכנולוגיים שאין להם שום קשר לפורמט קובץ זה, כמו קבלה סופית של הרשת, מתקן הגדלת שם קובץ/תכונה, ארכיטקטורת רשת Fujitsu ופרסום מהיר של שכנים.
איך פותחים קובץ FNA
פתח אחד ב-Windows, macOS ו-Linux עם Geneious (זה בחינם ל-14 ימים). כדי לעשות זאת, נווט לתפריט File > Import ובחר לייבא את הקובץ דרך From File פריט אחד בתפריט.
ייתכן שתוכל גם לפתוח אחד עם BLAST Ring Image Generator (BRIG).
נסה את Notepad++ או עורך טקסט אחר אם הרעיונות האלה לא מצליחים. הקובץ אכן עשוי להיות מבוסס טקסט ופשוט לקריאה, או אולי תגלו שאין לו שום קשר לפורמט FASTA, ובמקרה זה פתיחת הקובץ כמסמך טקסט עשויה לחשוף טקסט המזהה מה שימש ליצירת הקובץ או באיזה פורמט הקובץ נמצא.
איך להמיר קובץ FNA
אנחנו לא יכולים לאמת זאת מכיוון שלא ניסינו זאת, אבל אתה אמור להיות מסוגל להשתמש ב- Geneious כדי להמיר את הקובץ להרבה פורמטים אחרים, כמו FASTA, GB, GENEIOUS, MEG, ACE, CSV, NEX, PHY, SAM, TSV ו-VCF. ניתן לעשות זאת דרך התפריט File > ייצוא של התוכנית.
אותה תוכנית אמורה להיות מסוגלת גם לשמור את הקובץ ב-PNG, JPG, EPS או PDF, באמצעות File > Save As Image File.
למרות שבדרך כלל אינך יכול פשוט לשנות את השם של סיומת קובץ למשהו אחר ולצפות שהוא יעבוד באותו אופן, אתה יכול לשנות את השם של קובץ. FNA לקובץ. FA אם תוכנת רצף ה-DNA הספציפית שלך תזהה רק פורמט ה-FA.
במקום לשנות את שמות הסיומות של הקבצים, תרצה להשתמש בממיר קבצים בחינם כדי להמיר סוגי קבצים אחרים. במקרה של קבצי FNA ו-FA, במקרה של תוכניות מסוימות יפתחו רק קבצים שיש להם את סיומת הקובץ FA, ובמקרה זה שינוי השם אמור לעבוד בסדר.
עדיין לא יכול לפתוח אותו?
אם לאחר השימוש בתוכנות מלמעלה, אתה עדיין לא מצליח לפתוח את הקובץ שלך, אתה עלול לגלות שסיומת הקובץ לא ממש קוראת. FNA אלא משהו שפשוט נראה דומה.
לדוגמה, קבצי FNG (Font Navigator Group) נראים הרבה כמו שהם אומרים ". FNA", אבל אם אתה מסתכל היטב, רק שתי האותיות הראשונות זהות. מכיוון שסיומות הקבצים שונות, זה סימן לכך שהן בפורמט קובץ שונה וסביר להניח שלא יפעלו עם אותן תוכניות.
ניתן לומר אותו דבר לגבי סיומות קבצים רבות אחרות כמו FAX, FAS (Compiled Fast-Load AutoLISP), FAT, FNTA (Aleph One Font), FNC (Vue Functions) ו-FND (חיפוש שמור של Windows).
הרעיון כאן הוא רק לוודא שסיומת הקובץ קורא. FNA. אם כן, נסה שוב להשתמש בתוכניות מלמעלה כדי לפתוח או להמיר אותו. אם יש לך קובץ מסוג אחר, חקור את הסיומת שלו כדי לגלות אילו יישומים נדרשים כדי לפתוח או להמיר אותו.
שאלות נפוצות
איך פותחים קובץ FNA ב-Python?
ראשית, המר את קובץ ה-FNA לפורמט FASTA באמצעות יישום של צד שלישי כגון Geneious. לאחר מכן, תוכל להוריד את Biopython, קבוצה של כלים זמינים בחינם לחישוב ביולוגי לעבודה בביואינפורמטיקה. לבסוף, עיין במדריך ובספר הבישול של Biopython לקבלת הוראות לעבודה עם קובצי FASTA.
איך אני מוצא את מספרי יצרן ה-FNA שלי בקובץ גולמי של Ancestry?
אתה יכול להוריד את רוב נתוני ה-DNA מ-Ancestry.com בפורמט txt. עם זאת, רק ללקוחות שה-DNA שלהם נותח באמצעות רצף הדור הבא (NGS) יש אפשרות להוריד קובץ VCF.כדי להוריד קובץ VCF, עליך להיות הבעלים של ה-DNA, לעבור בדיקת DNA באמצעות טכנולוגיית NGS ולפחות 350 MB של שטח זמין במכשיר שלך.
